У меня была похожая ситуация, не с термосом, а с пластмассовым шейкером ( у меня там изолят протеина пропал ).
Пробовала все, протирала лимоном, замораживала в морозилке, сразу не помогло ничего, но через какое-то время (чудо!) запах исчез. Совсем.
У вас лук, это проще, лимон должен взять.
).